De natuurfunctie van de Warmondse eendenkooi is tot nu toe weinig onderzocht, maar naar verwachting groot.

Landschapselementen zoals een werkende eendenkooi hebben ook elders een belangrijke functie in het overwegend open landschap. Te denken valt aan een functie als rust- en broedplaats voor vogels en zoogdieren maar zeker ook voor populaties van bijzondere planten, paddestoelen, amfibieën en insecten.

Het in 2009 ingezette beheer van de eendenkooi is mede gericht op het verhogen van de natuurwaarden. Hierbij hoort ook een inventarisatie van de nu reeds aanwezige soorten.